Formatera hårddisken

Hej !

Jag har installerat Linux i en enskilt hårddisk, Ubuntu, Red hat och Debian. Vilket är en filsystem för sig, helt annat än den som är för DOS/Windows. Jag har seriekopplat 2 hårddiskar C: och D: Jag kan inte installera tillbaka DOS/Windows och inte heller formatera på D: enhet. Hur gör jag ? Finns det skärskilt program för att formatera D: enhet och från vilken windows ? Jag har en hårddisk för Windows 98 och Windows XP för den stationära datorn och jag jag Windows vista home basic på den bärbara ! kan någon hjälpa mig ?